Arrêts maladie plafonnés : pourquoi les médecins gardent le contrôle

À partir du 1er septembre 2026, les arrêts maladie seront soumis à des durées maximales : 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour chaque prolongation. Toutefois, les médecins conservent leur autonomie clinique, pouvant dépasser ces limites si l'état du patient le nécessite, en se basant sur les recommandations de la Haute Autorité de santé (HAS). Cette réforme, introduite par le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, vise à renforcer le suivi médical avec des points de contrôle plus fréquents plutôt qu'à réduire les arrêts longs.

Plafonds flexibles : 31 et 62 jours

Cadre de 31 jours pour la première prescription

À partir de septembre, les médecins, sages-femmes et chirurgiens-dentistes devront limiter la première prescription d'arrêt maladie à 31 jours. Jusqu'ici, cette durée n'était pas réglementée, même si des recommandations existaient pour certaines pathologies. Le nouveau cadre introduit une limite explicite, permettant toutefois aux professionnels de renouveler l'arrêt si nécessaire. D'après Culture RH, cette mesure répond à une augmentation significative des arrêts de travail, avec un bond de 10 % entre 2019 et 2024, atteignant 9,1 millions d'arrêts indemnisés et une dépense de 17,9 milliards d'euros en 2025.

Prolongations sans limite absolue

Après la première prescription, un arrêt peut être prolongé par tranches de 62 jours, sans limite au nombre de prolongations, à condition d'être justifiées médicalement. Comme l'indique Service-Public.fr, la réforme découpe les arrêts longs en étapes avec des contrôles médicaux plus fréquents. Cette approche permet d'identifier tôt les cas nécessitant un soutien spécifique, comme une visite de pré-reprise ou un temps partiel thérapeutique.

Application des nouvelles règles aux prolongations

Les arrêts en cours avant le 1er septembre 2026 ne sont pas modifiés rétroactivement, mais toute prolongation après cette date devra respecter les nouveaux plafonds. Par exemple, un salarié en arrêt depuis juin 2026 verra sa prochaine prolongation limitée à 62 jours si elle est prescrite après le 1er septembre. Cette transition progressive introduit le nouveau cadre sans perturber brutalement les prises en charge en cours.

Souveraineté médicale maintenue : justification nécessaire

Selon le décret n° 2026-498, un arrêt peut être prolongé au-delà de 62 jours si l'état du patient l'exige, en s'appuyant sur les recommandations de la HAS. Celles-ci, élaborées pour chaque pathologie, fournissent des durées indicatives basées sur des données scientifiques et pratiques reconnues. Par exemple, un médecin traitant une dépression sévère peut justifier un arrêt prolongé en se référant aux recommandations HAS. Ainsi, un cadre de référence est établi, laissant au praticien la possibilité d'adapter chaque cas.

Pour prolonger un arrêt au-delà des 62 jours, aucune autorisation préalable n'est requise. Le médecin rédige simplement une nouvelle prescription en justifiant la prolongation dans le dossier médical. Ces informations sont transmises à l'Assurance maladie, qui peut effectuer un contrôle a posteriori. Comme le rapporte Ouest-France, cette transparence accrue vise à prévenir les abus sans restreindre la liberté de prescription.

Pour les prolongations dépassant trois mois, le médecin peut consulter le service médical de l'Assurance maladie pour sécuriser sa prescription dans les cas complexes. Ce dispositif permet d'obtenir un avis complémentaire ou une expertise spécialisée. Loin d'être un contrôle rigide, cette consultation aide les médecins à prendre des décisions éclairées, en particulier pour les affections de longue durée. Service-Public.fr souligne que des consultations rapprochées permettent de détecter plus tôt les situations nécessitant un accompagnement.

Pratique médicale : suivi renforcé et plus de contact

Le fractionnement des arrêts en tranches de 31 ou 62 jours oblige le patient à revoir régulièrement son médecin, facilitant ainsi la réévaluation de l'état de santé et l'ajustement du traitement. Un suivi plus dynamique et fréquent permet de repérer rapidement les signes de désinsertion professionnelle et d'envisager des mesures comme une visite de pré-reprise. Cette démarche rompt avec la prescription d'arrêts longs d'un bloc, sans contrôle intermédiaire.

En contrepartie, les médecins devront gérer plus de consultations de renouvellement et de documentation. Pour un arrêt de longue durée, un praticien pourrait passer d'une prescription unique de six mois à plusieurs prescriptions successives, chacune nécessitant une consultation. Cette charge administrative accrue inquiète certains professionnels qui craignent une surcharge de leurs agendas. Selon l'Assurance maladie, les consultations liées aux arrêts de travail pourraient augmenter de 15 à 20 % dès le début de la réforme.