Arrêts maladie des professions libérales : un déficit cumulé de 309 millions d’euros

La Cour des comptes alerte sur le déséquilibre du régime d’indemnités journalières des professions libérales, créé en 2021. Elle demande au gouvernement de rétablir son équilibre financier d’ici la fin de 2026, sans qu’une hausse des cotisations ou une baisse des prestations soit à ce stade décidée.

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By La rédaction Santé Matin Published on 10 novembre 2026 5h42
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Arrêts maladie des professions libérales : un déficit cumulé de 309 millions d’euros © Shutterstock

Le régime d’indemnités journalières destiné aux professions libérales accumule 309 millions d’euros de déficit à la fin de 2025, selon un référé de la Cour des comptes publié le 9 novembre 2026. La juridiction financière demande au Premier ministre d’engager, avant la fin de l’année, les mesures nécessaires au rétablissement de l’équilibre de ce dispositif de protection sociale.

Pour la seule année 2025, les charges se sont élevées à 213,6 millions d’euros, contre 145,7 millions d’euros de produits. Le déficit annuel atteint ainsi 67,9 millions d’euros. Ce déséquilibre persistant pèse sur les comptes de la branche maladie du régime général, qui assure le versement des prestations.

Un régime d’arrêt maladie financé par les cotisations des professionnels

Mis en place en juillet 2021, le dispositif permet aux professionnels libéraux affiliés à la Caisse nationale d’assurance vieillesse des professions libérales (CNAVPL) de bénéficier d’une couverture en cas d’incapacité de travail durant les 90 premiers jours d’un arrêt maladie. La présentation du régime par la CNAVPL précise que les indemnités peuvent être versées du quatrième au quatre-vingt-dixième jour, après trois jours de carence, soit au maximum 87 jours consécutifs.

Cette couverture a été conçue pour être financée par une cotisation spécifique des professionnels concernés, avec un principe d’équilibre financier inscrit dans la loi. Elle constitue une protection supplémentaire pour des professions qui, auparavant, ne bénéficiaient pas de cette indemnisation obligatoire durant les premiers mois d’arrêt.

La Cour des comptes demande un redressement avant la fin de 2026

La CNAVPL assure le pilotage financier du dispositif. Or, selon la Cour, aucune mesure de redressement n’a été proposée par l’organisme malgré l’accumulation de déficits depuis la création du régime. La juridiction rappelle que le cadre légal permet d’agir sur les cotisations ou sur les prestations pour rétablir l’équilibre.

Dans son référé, elle demande que les dispositions prévues par la loi soient appliquées avant le 31 décembre 2026, y compris par décret si aucune proposition n’émane de la CNAVPL. Elle réclame également la définition de modalités d’apurement du déficit accumulé.

Les recommandations de la Cour ne constituent pas, en elles-mêmes, une réforme des droits des assurés. À ce stade, son constat ne fixe ni nouveau taux de cotisation ni nouveau montant d’indemnité journalière. Les décisions à venir devront traiter à la fois le financement des prestations futures et les 309 millions d’euros de déficit déjà enregistrés.

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