La Cour des comptes alerte sur une fragilité sanitaire majeure : l’absence de carnet de vaccination électronique généralisé empêche de connaître le degré de protection de la population en cas d’épidémie. Avec seulement 11% des utilisateurs disposant de données vaccinales dans « Mon Espace Santé », la France navigue à l’aveugle face aux menaces épidémiologiques. Le délai de 2028 fixé pour généraliser l’outil pourrait coûter des vies si une crise survient avant.
Carnet de vaccination électronique : impératif en cas d’épidémie
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Published on 8 septembre 2026 10h50
Une épidémie de grippe virulente pourrait survenir à tout moment, et la France reste sans réelle visibilité sur le statut vaccinal de sa population. Dans son rapport du 7 septembre 2026, la Cour des comptes souligne ce manque comme une vulnérabilité majeure en santé publique. L'institution recommande de généraliser le carnet de vaccination électronique d'ici 2028, soit dans deux ans, pour éviter qu'une nouvelle crise sanitaire n'aggrave cette lacune.
9 000 à 10 000 décès annuels : la grippe souligne l'urgence
Chaque hiver, la grippe cause entre 9 000 et 10 000 décès en France, montrant la persistance de la vulnérabilité face aux maladies évitables par la vaccination. Amélie de Montchalin, présidente de la Cour des comptes, affirme : « Le fait que nous n'ayons pas chacun un carnet de vaccination électronique à jour est un obstacle majeur pour notre protection individuelle. » Ce manque affecte non seulement les individus mais aussi la collectivité.
Le taux de vaccination antigrippale chez les plus de 65 ans reste à 54%, en dessous de l'objectif de 75% de l'OMS. Cette performance médiocre est due en partie à une mauvaise connaissance du statut vaccinal. Beaucoup de Français ignorent s'ils sont à jour, faute d'un outil de suivi efficace. Le carnet de santé papier ne suffit plus aux exigences modernes de santé publique.
L'absence de carnet électronique, un handicap en cas d'épidémie
La pandémie de Covid-19 a souligné l'importance de la réactivité, mais trois ans plus tard, la France n'a toujours pas de système pour identifier rapidement les personnes vulnérables. Amélie de Montchalin souligne : « C'est aussi un élément de fragilité en matière de santé publique : quand survient une épidémie, le degré de protection de la population n'est pas connu. » Sans données précises sur le statut vaccinal, il est impossible de cibler les campagnes, de prioriser les populations à risque ou d'évaluer l'immunité collective.
Face à un nouveau variant grippal ou un pathogène inconnu, les autorités sanitaires manquent de visibilité. Combien de personnes sont protégées ? Quelles tranches d'âge nécessitent une intervention prioritaire ? Quels territoires présentent des taux de couverture insuffisants ? Le professeur Alain Fischer, pédiatre-immunologue, déclare : « Les documents papier aujourd'hui n'ont plus vraiment de sens ».
Pourquoi seuls 11% des utilisateurs ont leurs données vaccinales enregistrées
Malgré l'existence de l'outil, il reste sous-utilisé. En 2024, 80% des Français se disent favorables à la vaccination, contre 61% en 2010. Le problème réside dans l'architecture technique du système.
Les outils des médecins généralistes, pédiatres et autres vaccinateurs ne permettent pas de compléter rapidement « Mon Espace Santé ». Seuls les pharmaciens, qui vaccinent massivement contre la grippe, alimentent régulièrement la plateforme. Pour les autres professionnels, l'opération reste manuelle et complexe. La Cour des comptes demande une refonte complète de l'interopérabilité des systèmes d'information de santé. Sans cette mise à niveau, aucune généralisation ne sera possible d'ici 2028.
2028 : un calendrier serré face aux urgences sanitaires
La Cour des comptes exige que tous les assurés reconstituent leur historique vaccinal d'ici 2028, un objectif ambitieux nécessitant la mobilisation des professionnels de santé, une refonte des logiciels et une campagne d'information. Mais surtout, cela suppose qu'aucune crise majeure ne survienne d'ici là. Un pari risqué face aux alertes épidémiologiques mondiales. La fragilité du système de santé français, déjà soulignée par d'autres rapports, rend cette course contre la montre d'autant plus cruciale.
La France investit 1,4 milliard d'euros par an dans la vaccination, mais cet effort n'est optimal que si les bons vaccins sont administrés au bon moment. Sans carnet électronique généralisé, une part de cette dépense est gaspillée. La sécurisation des données de santé représente un enjeu parallèle, mais ne doit pas retarder ce projet crucial. La prochaine épidémie frappera avec ou sans carnet électronique, et le bilan pourrait dépendre de la capacité de la France à combler ce vide dans sa stratégie de prévention.