Variole : elle aurait été introduite en Amérique par les colons

En séquençant l'ADN de deux momies chiliennes infectées par la variole entre 1492 et 1631, une équipe internationale de chercheurs a reconstitué l'histoire génétique d'un virus disparu depuis 1980. Publiée en juillet 2026 dans la revue Science, cette analyse génomique fournit la première preuve moléculaire de l'introduction du virus Variola en Amérique par la colonisation européenne. Au-delà de la confirmation historique, cette découverte offre une fenêtre unique sur les mécanismes d'évolution et d'adaptation des pathogènes, avec des implications directes pour la surveillance épidémiologique contemporaine.

Comment l'ADN ancien décrypte l'histoire d'un virus

Deux génomes viraux pour une seule épidémie

L'équipe dirigée par Shigeki Nakagome, généticien au Trinity College de Dublin, a analysé 13 échantillons osseux prélevés sur le site archéologique de Camarones, dans le nord du Chili. Les fragments d'os de jambe d'un homme et d'une femme adultes, âgés de 18 à 35 ans, ont révélé des traces d'infection par la variole. Les deux génomes viraux identifiés présentent une similarité quasi parfaite, suggérant une contamination lors de la même épidémie ou par une souche circulant simultanément dans la région. "Nous apportons la première preuve moléculaire de l'introduction de la variole dans les Amériques par le biais de la colonisation", affirme Nakagome. Cette découverte confirme ce que les archives historiques suggéraient depuis la première épidémie documentée en 1518 aux Caraïbes.

Une lignée européenne identifiée avec certitude

L'analyse phylogénétique positionne la souche chilienne entre les variantes européennes médiévales et les souches plus tardives. Les chercheurs ont établi que ce virus appartient à une lignée aujourd'hui disparue, issue d'un ancêtre commun apparu vers 1296 en Europe. Constanza de la Fuente Castro, anthropologue biologique à l'université du Chili et coauteure de l'étude, souligne l'importance de cette preuve biologique : "Ce n'était pas seulement culturel ou démographique. C'est littéralement inscrit dans des preuves biologiques que nous pouvons encore retrouver et décrypter aujourd'hui." L'identification génétique lève toute ambiguïté sur l'origine du pathogène responsable de 3 à 4 millions de décès parmi les populations autochtones.

L'évolution génétique du virus Variola

Comment un virus s'adapte et se spécialise

L'intérêt majeur de cette étude réside dans la reconstitution des étapes évolutives du virus. En comparant les génomes anciens avec les souches modernes éradiquées en 1980, l'équipe a identifié les mutations successives ayant façonné Variola. Patricia Foster, biologiste à l'université de l'Indiana, commente : "Personne ne remettrait en cause l'idée que la variole est arrivée dans cet hémisphère avec la colonisation, mais ceci le prouve." La chronologie génétique révèle un processus d'adaptation s'étendant sur plusieurs siècles, depuis l'ancêtre commun médiéval jusqu'aux formes ayant infecté les populations américaines. Cette compréhension des dynamiques virales trouve un écho dans les menaces infectieuses actuelles.

Les mutations qui ont fait de la variole un pathogène humain

L'analyse révèle que plusieurs mutations ont progressivement désactivé les gènes permettant à Variola d'infecter d'autres espèces animales, le spécialisant exclusivement pour cibler l'être humain. Bruno Romero González, biologiste computationnel au Trinity College et premier auteur de l'étude, explique que ce processus de spécialisation représente un cas d'école en virologie évolutive. Avant son éradication, la variole tuait environ un tiers des personnes infectées, témoignant de l'efficacité redoutable acquise par ce pathogène strictement anthroponotique. La perte de capacité zoonotique constitue paradoxalement un facteur ayant facilité l'éradication : sans réservoir animal, l'interruption de la transmission interhumaine suffisait à éliminer le virus.

Leçons pour la santé publique contemporaine

Comprendre l'évolution virale pour prévenir les crises

Les enseignements tirés de cette recherche dépassent largement le cadre historique. La reconstitution génétique du parcours évolutif de Variola fournit un modèle pour anticiper les trajectoires d'adaptation d'autres pathogènes. Anne Stone, anthropologue à l'université d'État de l'Arizona, souligne que la méthodologie développée pour cette étude s'applique directement aux virus émergents actuels. La capacité à identifier les mutations critiques permettant le passage d'un réservoir animal à l'homme représente un outil précieux pour la surveillance épidémiologique. Les 90% de la population originelle des Amériques disparus avant 1600 rappellent la vulnérabilité des populations immunologiquement naïves face à de nouveaux pathogènes.

Du mpox à la prochaine menace : anticiper par la génomique

L'approche génomique appliquée à la variole offre un cadre méthodologique transposable aux virus contemporains. Le mpox (variole du singe), également causé par un orthopoxvirus, partage des mécanismes évolutifs similaires. La surveillance des mutations génétiques permettant l'adaptation à la transmission interhumaine constitue désormais une priorité en santé publique. La découverte de la souche chilienne dans une région où la variole n'avait jamais été documentée soulève également des questions sur les réseaux de transmission, pertinentes pour modéliser la propagation des épidémies actuelles dans des zones reculées. La génomique ancienne transforme ainsi notre compréhension des pandémies passées en outil prospectif pour les crises sanitaires à venir.

Ce qu'il faut retenir : L'analyse de l'ADN viral extrait de momies chiliennes valide l'origine européenne de la variole en Amérique et dévoile les mécanismes génétiques de spécialisation pathogène. Ces connaissances sur l'évolution virale, acquises grâce à la paléogénomique, constituent un arsenal méthodologique applicable aux menaces épidémiologiques contemporaines, du mpox aux futures zoonoses émergentes.